وجه تسميه مسجد
مجتهد بزرگ كاشان ملا محمد مهدي نراقي (ملا محمد بن ابيذر) فرزند آخرش موقعي به دنيا مي آيد كه خودش فوت مي كند، بنا به رسم آنزمان نام پدر را بر فرزند مي گذارند و پس از مدتي فرزند هم مجتهد مي شود و مردم كاشان به دليل اين تشابه اسمي به پدر " آقا بزرگ" و به فرزند " آقا كوچك" مي گويند. محمد شاه قاجار در راه سفر به اصفهان چند روزي در كاشان اقامت و طي آن با علماي شهر و از جمله با ملامحمد مهدي (آقا كوچك) ملاقات مي كند، متوجه مي شود كه وي از لحاظ علمي بسيار بالا هستند به مردم كاشان امر مي كند از اين به بعد به وي هم آقا بزرگ بگويند و به حاج محمد تقي خانبان (حاكم وقت شهر) هم دستور مي دهد تا اين مسجد و مدرسه را براي ايشان بنا كرده و دختر خود را به عقد وي درآورند.

پيرنشين ها
در قسمت ابتدايي بنا دو سكو در دو طرف بنا برمي خوريم به نام پيرنشين، علت تعبيه اين سكوها هم اين بوده است كه اشخاصي كه از كوچه عبور مي كنند اگر باري بر دوش دارند براي رفع خستگي بار خود را روي اين سكوها قرارداده و استراحت كنند و دليل بعدي و مهمتر ؛ افراد سالمند و پير بوده اند تا روي آنها به استراحت بپردازند.

كتيبه مالياتي
در بالاي درب ورودي مسجد (قسمت بيروني) به كتيبه اي (لوح) سنگي برمي خوريم كه فرمان معافيت مالياتي بنا از طرف محمد شاه قاجار است و مضمون آن از اين قرار است: "به حكم محكم شاهنشاه عادل، بأذن محمد شاه قاجار خلدالله ملكه و احسانه، حجت الاسلام ملامحمد مهدي نراقي به موجب فرمان مبارك مقرر آمده از تكاليف ديواني معاف شد. در سر در اين مسجد 32  نوع هنر كار شده است.

درب ورودي مسجد
تعدادي ميخ در آن به كار رفته شده كه تعداد آنها در دولنگه درب دقيقاً 6666 عدد به تعداد آيات قرآن كريم است. استفاده از اين ميخ ها دو علت دارد: در قديم هنگام هجوم اقوام مهاجم ، مردم داخل مسجد پناه مي گرفته اند، استفاده از اين ميخ ها داخل در باعث مي شود تا در استحكام فوق العاده اي يافته و شخص مهاجم از بيرون به هيچ وجه نتواند با تبر در را خُرد كند.
علتي كه باعث شده بعد از 180 سال در هنوز اينقدر سالم بماند، اين است كه ميخ بعد از مدتي داخل چوب زنگ مي زند و حالت تُردي به چوي مي دهد كه موريانه از آن خوشش نمي آيد و به آن كاري ندارد.
روي دو دستگيره در هم دو بيت شعر از سعدي نوشته شده" زيبا تر از تو در نظرم هيچ منظري / كس درنيامدست به اين خوبي از دري / اول منم كه در همه عالم نيامده / ديگر نياورد چو تو فرزند مادري".

راهروهاي اطراف مسجد
علت تعبيه اين راهرو افراد سالمند بوده اند تا به راحتي از آن عبور كنند. قسمت بعدي برآمدگي است به نام "پاچنگ" و علت تعبيه آن هم اينست كه شخصي كه از بيرون داخل مسجد مي شود از دالان هاي كناري عبور كند تا احترام و قداست مسجد حفظ شود.

مهتابي يا زمستانه نشين
هنگام زمستان از آن استفاده مي شده است ، سنگ هايي در وسط آن وجود دارد كه علت تعبيه آنها تأمين نور اتاق هاي پايين است. جنس سنگ ها مرمر است و مرمر تنها سنگي است كه نور از آن عبور مي كند. مسجد آقا بزرگ تنها مسجد پنج طبقه دنياي اسلام است.
سبك به كار رفته در اين مسجد گودال باغچه بوده و مزاياي اصلي استفاده از اين سبك عبارت است، ضد زلزله شدن بنا، استفاده از مصالح برداشته شده از كف در ديوارها و طاق ها به عنوان خشت و گل.

شبستان
به محض ورود به داخل شبستان هر مسجدي اولين قسمتي كه توجه ما را به خود جلب مي كند  "قبله و محراب"، شبستان مسجد آقا بزرگ بر خلاف بقيه مساجد و پيرو اصل رعايت تقارن توسط معمار؛كنار شبستان بنا شده است (نه در وسط).
جهت قبله ي محراب با عبارت " يا قاضي الحاجات" مشخص شده است . اطراف محراب كتيبه اي با خط ثلث (سوره هاي شمس و اعلي) و از جنس ساروج وجود دارد . بالاي محراب هم براي انعكاس بيشتر صداي پيش نماز در كل مسجد كانالي تعبيه شده است.

قسمت زير گنبد (مقصوره)
معماراين قسمت را با چهار ضلع سپس 8 و 16 آغاز كرده تا به دايره رسيده و نهايتاً دايره ها را به شمسه اي رسانده كه در معماري نشانه احديت و يگانگي خداوند متعال است. فضاي داخلي گنبد با كتيبه اي از سوره فتح تزئين شده است.
گنبد اين مسجد نيز سه لايه است. بيشترين محيط دايره براي گنبد 50 متر و ارتفاع نوك گنبد از سقف مسجد حدود 18 متر است.

حياط برف انداز
حياطي است در قسمت انتهايي بنا جهت تخليه برف هاي گنبد، در وسط آن چاهي تعبيه گرديده تا برف ها به مرور آب شده و از طريق آن تخليه شوند. نحوه برف روبي بام مسجد نيز در نوع خود جالب بوده است. زنجيري به نوك گنبد متصل بوده و با گردش زنجير، برف نشسته بر فضاي بيروني گنبد تراشيده و به حياط برف انداز ريخته مي شده است.
زير حياط برف انداز چاهي قرار دارد كه بين مردم كاشان به چاه امام زمان معروف است و مردم براي برآورده شدن حاجاتشان در كنار اين چاه نماز مي خوانند و عريضه داخل چاه مي اندازند.
حياط هاي اطراف شبستان تقارن ندارند يكي مسقف و محصور و ديگري بدون سقف و از 4 طرف آزاد است. در توضيح اين عدم تقارن بايد بگوييم كه زمان ملامحمد مهدي صاحب اوليه دو حياط قرينه ي هم بوده اند ولي بعد از مدتي فرزند ملا محمد مهدي اطراف يكي از آنها را پوشانده و مسقف مي كند و شبستان مسجد را به آنجا انتقال مي دهد.

در قسمت چپ محوطه حياط اصلي (از درب ورودي) مقبره اي مي بينيم متعلق به خاندان نراقي كه فرزند و نبيره و فرزند نبيره ي ملا محمد مهدي (شهيد علي) در آن خاك هستند. خود ملامحمد مهدي در قم و پدرش (ملا محمد مهدي بزرگ) در صحن صغير حضرت علي (ع) در نجف مدفون است.
در اين مقبره از درهاي " اُرُسي" ( عمودي باز شو ) استفاده شده كه در آنها هنر گره چيني زيبايي را مي توانيم رويت كنيم. بناي مسجد و مدرسه آقا بزرگ مجهز به دو عدد بادگير هم است. همچنين در اين مسجد تاكنون چند فيلم و مجموعه تلويزيوني و سينمايي هم ساخته شده كه مشهورترين آنها : طوقي، عياران و ملاصدرا  است.